Fleire apesamfunn har vakse fram etter at Caesar tok dei med til ein oase, medan menneska har vorte fordrivne. Nokre apegrupper har aldri høyrt om Caesar, medan andre har forvrengt læra hans for å byggje eigne imperier. Den unge apen Noa legg ut på ei reise for å finne fridom etter at klanen hans blir tekne av apeleiaren Proximus Ceasar. Han vil bruke dei som slavar i jakt på menneskeleg teknologi. Noa byrjar å stille spørsmål om tilværet til apane etter at han møter ei ung kvinne som syner seg å ha løyndomar om menneskeleg teknologi. Ho blir nøkkelen til det Proximus Caesar leitar etter.